Los riesgos ambientales asociados con el incremento de capacidad de varias granjas han conducido a varias compañías para buscar alternativas más amigables del tratamiento y contención de desechos animales y no una simple compactación de los mismos. Para prevenir cualquier desastre ambiental, como lo es la muerte de peces o la contaminación del subsuelo, varias compañías están buscando geosintéticos como un costo efectivo y como una alternativa de contención de desechos animales más segura.

En el caso del manejo de desechos biológicos o desechos animales, ya sea materia fecal, animales muertos, etc., se debe considerar el medio para su eliminación, el equipo, instalaciones, mano de obra y uso posterior que se le dará al producto. El tratamiento más común es como abono directo, o en forma de composta. Ambos necesitan un buen equipo de recolección, tratamiento y traslado, con mano de obra adecuada. Cualquiera de las dos alternativas pueden llegar a ser razonables y seguras para eliminar los desperdicios normales y diarios de una granja.

El sistema de contención de desechos ideal no existe, pero es un deber y una necesidad buscar el que se adecue más a cada granja/establecimiento, ya que lo que puede ser mejor para uno no necesariamente será mejor para el otro, siempre y cuando se cumplan las normas sanitarias.

Para el control de las aguas residuales lo más recomendable son las fosas de aereación, recubiertas con geomembrana que impide la filtración de agua al subsuelo así como un separador de sólidos.

Las geomembranas de polietileno de alta densidad son las más adecuadas para estos tipos de aplicaciones debido a su excelente resistencia química y a su permeabilidad, la cual es la más baja de cualquier material de geomembrana hoy en día.