Un Biodigestor está basado en un sistema de fermentación natural que ocurre en ausencia de oxigeno (sin aire) que facilita el crecimiento y proliferación de un grupo de bacterias anaerobias/metanogénicas, que descomponen y tratan los residuos dejando como resultado final un gas combustible conocido como biogas o gas metano (CH4) y dióxido de carbono (CO2) además de un efluente líquido rico en nutrientes y materia orgánica estabilizada.

Con la implementación de estos biodigestores, principalmente, se contribuye a la protección del medio ambiente, evitando tanto la contaminación del subsuelo y mantos acuíferos, así como controlando la liberación y emisión de los gases generados hacia la atmósfera, evitando que se propague el mal olor tanto en las granjas como en comunidades cercanas que pudiesen verse afectadas.

El diseño y construcción de un biodigestor para contención de residuos animales deberá estar enfocado a las necesidades de cada sitio en especial (estos pueden ser granjas avícolas, porcícolas y ganaderas en general), ya que el gas metano extraído así como su uso, dependen en gran medida de lo que se quiera hacer con este gas, el cual se puede aprovechar para generar energía eléctrica o combustión directa como calentamiento en hornos, calderas y refrigeración en las mismas instalaciones.